Faktor rem jadi salah satu kendala besar buat Stoner. Di Qatar Casey Stoner bisa dominan sampai akhirnya berjaya, namun di sirkuit Motegi, Jepang. Start di posisi dua dan hanya finis di peringkat empat.Selepas start Stoner langsung kehilangan posisi. Dia terlempar beberapa posisi ke belakang terlewati lima pembalap lain dibelakangnya yang pada akhirnya bersusah payah untuk memperbaiki posisi jadi peringkat empat.
Pembalap Ducati tersebut merasa bahwa kurangnya waktu latihan membuat tim belum sepenuhnya siap untuk berlaga. Hujan memang sempat mengganggu di hari Sabtu yang berakibat dibatalkannya sesi kualifikasi.
"Saya rasa kami punya masalah yang sama dengan yang lain, kami tidak punya cukup waktu untuk setting motor, tapi pada dasarnya saya rasa kami akan bisa menyamai waktu lap para pembalap terdepan. Tapi saya banyak membuang waktu saat start," ujar Stoner kepada Autosport.
Belum lagi usai masalah pengaturan motor yang belum maksimal, problem lain lagi menghadang laju Stoner di Motegi. "Saat lap pemanasan saya mendengar bunyi-bunyian di rem depan, bunyinya tak halus dan saya tak yakin selama lima atau enam lap pertama."
"Saya tak tahu harus berbuat apa, saya tak bisa mengerem di titik yang saya inginkan dan saya menjadi tak percaya diri. Mungkin saya bisa melaju lebih cepat tapi saya tak tahu akan seberapa aman," ungkap pembalap muda asal Australia tersebut.
